2012年6月，江西国控与赣州工投签订合同，前者拟将其持有的昌九集团85.4%股权转让给后者。
2012年12月，赣州工投以昌九生化(600228)近期涨幅过大为由，向赣州国资委提交“关于要求明确稀土资产注入问题”请示，赣州国资委回复“没有将市属国有稀土资源、资产注入昌九生化的考虑”。
2013年4月，昌九集团股权完成过户，赣州工投成为实控人，但相关方因股权转让款与改制资金支付先后顺序一直争执不下。
2013年5月6日，昌九集团提起诉讼，要求江西国控和赣州工投交付拖欠的改制资金3.52亿元。
2013年5月9日，昌九生化盘中一度上涨至40.60元，为上市以来新高。
2013年6月，法院下发执行裁定书，决定于7月6日拍卖昌九生化3000万股权。
2013年7月，昌九集团将注册地址变更为“赣州市章贡区黄屋坪路25号”。
2013年10月，昌九生化发布三季报，受让股东未出现在前十大股东之列。
2013年11月4日，威华股份(002240)公告称，与赣稀集团签订《发行股份购买资产协议》，并拟以非公开发行股份的方式向赣稀集团购买其持有的赣州稀土100%股权。
2013年11月14日，昌九生化连续出现7个跌停板之后，公司宣布临时停牌。
2013年11月15日，昌九生化在上交所e互动平台召开投资者说明会，参加的人员包括了昌九生化、大股东昌九化工集团、赣州工投及实际控制人赣州市国资委等相关高管。
